陆征祥接掌外交部后，颇思有所作为，在袁世凯的支持及次长颜惠庆、秘书长王广圻协助下，以专业化为最高原则，大刀阔斧革新外交部组织与人事制度。
北京政府外交部的前身为外务部，1912年2月12日清帝逊位时，降旨所有官制一律仍旧，即以内阁名单照会驻北京之16国公使，改外务大臣为首领，副大臣为副首领，去君臣之义，而揭共和之实。3月10日临时大总统袁世凯宣告就职后，乃改外务部为外交部，24日令改首领为总长，副首领为次长，并任命总长、次长等官。但在此时，外交部的组织体制尚未健全。
陆征祥就任后的第一件任务，就是把外交部重新组织，将中国的外交机构改革一新。陆氏回国就职前，坚持途经布鲁塞尔和巴黎，就地近距离考察比、法两国政府外交部的运作机制。抵北京就职后，即参酌法国制度，对外交部实行改革，首先厘定《外交部组织章程》，设总长一名主持部务，另设一名次长协助，日常事务则由一厅四司负责，即总务厅、外政司、通商司、交际司和庶政司。此外，还设有由四位秘书组成的秘书处和四位参事所组成的参事室，负责处理条约和有关外交部的法令、规章的实施等法律问题以及其他事务。陆氏注重外交人才之培育，制定三原则：(1)外交人员均要经过考试；(2)选用标准要打破省界；(3)多选通外国语者。部内外之推荐人选，不合此三原则者，绝不接受。
清朝时所有出使大臣都加钦差衔，可直接上奏皇帝，不受总理衙门或外务部节制，而且出使大臣多非职业外交家出身，对使馆事务一手包办。陆征祥大力改革，驻外公使、领事及使领馆馆员，都要经外交部委任。1912年11月27日，公布《外交官领事官任用暂时章程》，驻外使节须具备以下四条件之一：(1)曾任外交总长或现任外交次长者；(2)曾任或现任外交部最高荐任官者；(3)曾任或现任公使者；(4)现任驻外代表或参赞、领事之曾以使才记名者。使领馆馆员也须符合下列四条件之一：(1)现任外交部荐任官；(2)任外交部有荐任资格之委任官；(3)现任各馆实缺、署缺人员；(4)内外保送于外交上有特别经验、先行调部人员。另外还须具备三条件：(1)兼通一国以上外国语言；(2)身体健强；(3)外貌整洁。并据此将清末使领馆中不适任馆员淘汰，让驻外人员专业化。使领馆须按年度编造预算，按月汇发经费，并建立驻外使馆定期汇报制度，编辑各种法令规章，考核、考试办法，规范外交官、领事官服制，调查各国国际礼仪，让中国之外交制度、服制、礼仪等，皆能与西洋各国接轨。
在外交部人事任命上，陆征祥为破除清末旧官僚沿袭的弊病，到任后着手整顿，为使外交人才专业化，北京外交部建立专门的考试和资格审查制度。报载：陆氏以部员多系清朝旧人，虽有才可用，然必须全体解散，再行组织，但解散与组织须在同一日，以免机关停滞，已定于日内发表。又载：“外交部陆总长连日会同次长秘密会议，筹划甄汰本署人员问题，陆意就各员在署办事成绩判定优次，以决去留，暂不举行学科考试。”6月17日陆氏将原外务部旧员155名，一律免职，仅65名人员留部办事，另从他部调用部分人员。并且为去除清朝外务部的兼差问题，于19日命令，要求所有留部人员，如有兼差者，于一星期内必须决定去留。
外交部组织与人事经多次变更，到10月8日外交部官制正式颁布，共设总长一人，次长一人，参事二至四人，秘书四人，司长五人，佥事每司不逾八人，主事员额最高不得逾80人。陆征祥建立了现代化的外交部，组织简单而合逻辑，责任确定而单一，使外交部与驻外使领馆间，有明确的指挥关系。尤其在建立职业外交官制度及培养外交人才上，北京政府时期外交部人才鼎盛，外交官素质整齐。至此，中国外交机构已渐完备，日后南京国民政府外交部基本上没有多大的更改。
陆征祥同时将地方外交权收归中央，清末封疆大吏多兼总理衙门大臣衔，各自办理外交，庚子义和团运动时地方大吏甚至与列强私订“东南互保”。外务部时期试图将外交权收归中央，取消督抚兼衔，但因中央衰微，成效不彰。民国成立后，陆氏努力统一外交事权，1913年1月8日公布《画一现行中央直辖特别行政官厅组织令》，规定地方办理交涉机构如交涉员、视察员、特派员等，全改为中央直属机构，与地方政府相合作而不相统属。5月21日外交部颁布《外交部特派各省交涉员及各埠交涉员职务通则》，划一各省设特派交涉员，置外交部某省交涉署；各通商巨埠设交涉员，置外交部某埠交涉分署；两者皆向外交部负责，将晚清督抚地方外交事权收归中央。
陆氏1939年对罗光说：我记着许景澄的话，起手收罗有志青年，各国的留学生都有，不分省界，培植他们做外交人才。我看见现在中国外交界，心中很欣慰，现在3位大使，14位公使，都是我当日发掘和培养的青年。凡是办政治，尤其是办外交，绝不可用外行，军人做外交官，只是一时的，我那时培养60余名青年，绝不用私人，希望养成一外交人才传统。当张作霖入京时，我的外交团体，稍被破毁，南京政府成立时，我很害怕外交界尽用外行人，结果还好，外交界都系老成练达者。
1912年南京临时政府设立外交部，采纳了西洋外交组织的方法，但由于南京临时政府的运作时间尚短，加上当时南北尚未统一，而各国直接交涉，仍在北方，对于临时政府不予承认。
1912年2月12日清帝退位，北京政府成立，陆征祥担任首任外交总长，陆氏长年出使国外，对于国际外交的状况和中国传统外交的弊病，有相当的认知，他愿意担任外交总长的条件之一，就是要有完全的人事权，得袁世凯同意后，陆氏一上任即对外交部进行改革。当时世界外交制度率以法国为典范，陆氏参考法国制度组建外交部，使之组织合理化、用人专业化，并建立各种制度规章，让外交部成为民初中央政府中最现代化的机构，并且选拔培养出一批外交人才，成为中国外交的生力军，为民国外交奠定坚实基础。陆征祥自称：许景澄以“沟通中西，介绍新旧”为陆氏一生义务，改组外交部，即略尽此义务。
编辑/韩世容
